Como ocurre en todos los virus y como se esperaba, desde su aparición, hace poco más de un año, el coronavirus SARS-CoV-2 ha experimentado cambios en su genoma. Hasta el momento, la mayor parte de las mutaciones que han aparecido no parecen tener un impacto importante en la biología del virus o en su relación con el huésped humano. No obstante, existe la posibilidad de que puedan producirse mutaciones que aumenten su capacidad infectiva, lo hagan más resistente a la respuesta inmunitaria o comprometan el funcionamiento de las vacunas.

El protocolo de Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2 tiene como objetivos la determinación de la incidencia de variantes de interés para la salud pública, la identificación precoz de nuevas variantes que aumenten la transmisión o la virulencia o puedan afectar al control epidemiológico, la identificación de grupos vulnerables asociados a la infección por nuevas variantes y la realización de estudios sobre el impacto de las variantes en la patogenicidad, el diagnóstico o los tratamientos.

Para cumplir los objetivos, se establecerá una red de laboratorios de referencia coordinada por el Ministerio de Sanidad en colaboración con el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII). El Centro Nacional de Microbiología del ISCIII actuará como nodo central de la red de laboratorios y prestará apoyo para la secuenciación y análisis bioinformático en las comunidades autónomas que no tengan suficiente capacidad para llevar a cabo estas tareas. También será responsable de comunicar los resultados a los organismos de vigilancia internacionales.

El protocolo, que estará en revisión permanente en función de la evolución y la nueva información que se vaya obteniendo sobre la infección por SARS-CoV.2, incluye el procedimiento y principios para la identificación y seguimiento de las variantes circulantes en España, así como los casos y situaciones en los que se indicará la secuenciación por sospecha de la presencia de una variante de interés para la salud pública. En ambos casos, la información será remitida al Sistema para la Vigilancia en España del Centro Nacional de Epidemiología.

La aprobación del Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2 se ha realizado poco después de que la Comisión Europea instara a aumentar la tasa de secuenciación hasta alcanzar al menos un 5%, y preferiblemente un 10% de los resultados positivos para la las pruebas de COVID-19. La detección precoz de la circulación de las variantes mediante secuenciación genómica en grupos diana y la determinación de la incidencia de casos de dichas variantes en la población representan una de las medidas destacadas por el Centro Europeo de Prevención y Control de Enfermedades para contener la transmisión comunitaria de variantes de interés sanitario que llaman la atención por la presencia de mutaciones con potencial para aumentar la transmisibilidad y virulencia del virus o afectar a la acción de las vacunas o de los de anticuerpos neutralizantes en personas que han pasado la infección.

Protocolo disponible en: https://www.mscbs.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/nCov/documentos/Integracion_de_la_secuenciacion_genomica-en_la_vigilancia_del_SARS-CoV-2.pdf

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