Un equipo científico crea una base de datos para medir la actividad genética de las bacterias en humanos

Una nueva base de datos de acceso abierto puede ayudar a la comunidad investigadora a detectar rápidamente cuales son los genes defensivos que se activan o se reprimen durante la infección bacteriana y puede impulsar el desarrollo de nuevos tipos de antibióticos.

La base de datos DualSeqDB permite detectar si diferentes tipos de bacterias utilizan los mismos genes para infectar a humanos y otros mamíferos, lo que se podría aplicar en la identificación de dianas terapéuticas para el desarrollo de nuevos antibióticos. Esta tecnología se presenta en un nuevo artículo publicado en la revista Nucleic Acids Research.

“La neumonía, la tuberculosis y otras enfermedades curables causadas por las bacterias siguen siendo un problema importante, y aunque muchas de ellas se tratan fácilmente con antibióticos, las bacterias continúan evolucionando y algunas se están volviendo cada vez más resistentes a nuestro arsenal de antibióticos”, dice Benjamin Lang, investigador postdoctoral del Centro de Regulación Genómica (CRG) y uno de los creadores de la base de datos.

Según los autores, la comunidad científica y la comunidad de especialidad clínica pueden utilizar esta base de datos para identificar nuevos objetivos farmacológicos comparando cómo funcionan los procesos de infección en especies bacterianas no relacionadas. La comunidad científica también pueden añadir sus propios datos experimentales a DualSeqDB para que otras personas puedan acceder a ellos y utilizarlos más fácilmente.

"Las implicaciones para la salud pública que supone quedarse sin opciones de tratamiento con antibióticos son graves, especialmente porque están apareciendo cepas multirresistentes de patógenos comunes en hospitales de todo el mundo", dice el Dr. Lang. "Aplicar el análisis de secuenciación masiva en el estudio de la actividad genética durante la infección es uno de los métodos más accesibles para descubrir nuevos tratamientos".

DualSeqDB se creó identificando y combinando conjuntos de datos ya existentes. Utilizando un sistema de herramientas computacionales bien definidas, el equipo investigador estandarizó los datos de expresión génica de diferentes fuentes para que fueran directamente comparables.

“Creemos haber creado la primera base de datos que contiene información sobre cómo los patógenos y sus huéspedes naturales cambian simultáneamente su expresión génica durante el proceso de infección”, dice Javier Macho Rendón, investigador predoctoral de la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB).

Cuando un patógeno infecta a un huésped se desencadena la expresión de genes específica que ayuda al patógeno a replicarse y asegurar su supervivencia. A su vez, el huésped activa mecanismos complejos para reconocer y eliminar los patógenos.

La comunidad investigadora puede seguir esta carrera armamentística durante el proceso de infección utilizando datos de secuenciación masiva de ARN, que son recopilados de forma simultánea, tanto de las bacterias como del huésped. Esta secuenciación dual permite a la comunidad científica identificar nuevos rasgos a nivel molecular que no serían detectados de otro modo.

DualSeqDB fue creado por Gian Tartaglia y Benjamin Lang en el Centro de Regulación Genómica (CRG) y Javier Macho Rendón, Marc Ramos Llorens y Marc Torrent en la Universitat Autónoma de Barcelona (UAB).

“Dado el impulso actual de las tecnologías de secuenciación en la investigación y la práctica clínica, esperamos que nuestra base de datos crezca y se convierta en un repositorio integral que nos ayude en la lucha contra las enfermedades infecciosas”, concluye el Dr. Marc Torrent, profesor agregado del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular en la UAB.