El CIPF desarrolla nuevo software libre para el manejo de redes biológicas

El Laboratorio de Genómica Computacional del Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF) y nodo del Instituto Nacional de Bioinformática, que dirige el Dr. Joaquín Dopazo, junto con el Departamento de Medicina de la Universidad de Cambridge y el Hospital Addenbrooke's de Cambridge acaban de publicar en Bioinformatics el artículo "Web - based network analysis and visualization using CellMaps", donde explican la herramienta CellMaps un software libre que permite monitorizar, editar, explorar y analizar redes biológicas así como la integración de metadatos. CellMaps puede integrarse en cualquier sitio web y ofrece una aplicación muy avanzada a nivel gráfico y de interactividad.

Para entender cómo se relaciona el genotipo y la actividad de los genes con la enfermedad son necesarias herramientas eficientes de visualización y análisis de redes complejas de interacción de moléculas. CellMaps permite visualizar distintos tipos de rede s de interacción entre moléculas dentro de la célula. Estas moléculas pueden ser proteínas, y distintos tipos de ARNs y metabolitos, por ejemplo, y las interacciones pueden ser físicas, regulatorias o funcionales. Esta red puede ser obtenida de fuentes externas de conocimiento, como KEGG (The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) o REACTOME o puede ser definida por el usuario. Sobre esta red pueden realizarse numerosas operaciones y se pueden visualizar propiedades de las moléculas y estudiar cómo estas se distribuyen a lo largo de la red. También se pueden realizar diversas comparaciones de redes y tests estadísticos. Esta herramienta ofrece un enorme abanico de posibilidades de análisis en un entorno fácil de manejar. La aplicación está disponible en http://cellmaps.babelomics.org /

Las pocas herramientas actuales presentan limitaciones en cuanto a la complejidad de las redes que pueden analizar. CellMaps puede ser usado de forma independiente o puede embeberse fácilmente en cualquier aplicación de web , permitiendo que cualquier base de datos de conocimiento o cualquier herramienta nueva de software incluyan de forma fácil el manejo de redes biológicas.

Este trabajo se ha desarrollado con las ayudas de MINECO, la Plataforma de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos del ISCIII, las ayudas del Programa PROMETEOII para grupos de investigación de excelencia de la Conselleria de Educación, el proyecto europeo ELIXIR - EXCELERATE y la Fundació la Marató TV3.

Link artículo: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/19/3041.long