FLAIR-GG: de supermercados de semillas a centros de datos de germoplasma

Preservar la diversidad genética de las plantas es crucial para la seguridad de alimentos global, la biodiversidad y la sostenibilidad ambiental. Los bancos de germoplasma, que almacenan semillas y otros materiales genéticos, desempeñan un papel central en esta misión. Sin embargo, la forma en que se gestiona y comparte la información entre estos bancos plantea desafíos significativos. Las bases de datos utilizadas para almacenar recursos genéticos vegetales (PGR, por sus siglas en inglés) a menudo carecen de estandarización, operando con diferentes formatos y sistemas, lo que dificulta el acceso, la integración y el uso efectivo de los datos. Este problema es especialmente crítico para las especies silvestres y los parientes silvestres de cultivos, que son clave para mejorar la biodiversidad y desarrollar sistemas agrícolas resilientes.

Aunque existen sistemas de información global como Genesys PGR y su equivalente europeo EURISCO, estas plataformas se centran principalmente en especies cultivadas. Este enfoque deja una brecha significativa en la atención a las necesidades de las colecciones de germoplasma de especies silvestres. Las especies silvestres, incluidos los parientes silvestres de cultivos, son esenciales para introducir características genéticas como resistencia a la sequía, tolerancia a plagas y adaptabilidad al clima en los cultivos. Lamentablemente, las bases de datos actuales a menudo carecen de datos ambientales sobre los lugares donde se recolectaron estas plantas, información sobre su relevancia genética o detalles sobre si las colecciones de diferentes bancos se superponen. Estas carencias dificultan la colaboración y los esfuerzos de conservación efectivos.

Para superar estos desafíos, proponemos aplicar los Principios FAIR a los datos de germoplasma. Los principios FAIR tienen como objetivo mejorar la Localizabilidad, Accesibilidad, Interoperabilidad y Reutilización de los datos. Siguiendo estos principios, los datos de los bancos de germoplasma pueden ser estandarizados, vinculados y más fáciles de descubrir y usar. Esto garantizaría que investigadores y conservacionistas puedan acceder y analizar información sobre recursos genéticos vegetales, ahorrando tiempo y recursos al no tener que resolver incompatibilidades relacionadas con el lugar donde se almacenan los datos o su formato.

Una de las soluciones clave presentadas es la creación de una red federada de bases de datos de germoplasma, un sistema en el que diferentes organizaciones o bases de datos trabajan juntas como parte de una red más amplia, manteniendo al mismo tiempo su independencia. En lugar de almacenar todos los datos en una ubicación central, cada participante conserva sus propios datos pero acuerda compartirlos de manera estandarizada, haciéndolos accesibles y utilizables para otros en la red. Esta red funcionaría como un sistema unificado, permitiendo una exploración e integración fluida de datos provenientes de múltiples fuentes. Así se cerrarían las brechas entre los sistemas existentes, fomentando la colaboración y permitiendo diseñar estrategias de conservación más efectivas para las especies silvestres. La red propuesta también facilitaría la integración de datos de esfuerzos de conservación ex situ (fuera del sitio) e in situ (en el sitio), abordando uno de los problemas más urgentes en este campo.

Es de gran importancia aumentar la conciencia entre los bancos de germoplasma sobre la singularidad o redundancia de sus colecciones. Sin este conocimiento, los bancos pueden conservar muestras duplicadas sin saberlo o perder oportunidades de colaborar con otros que poseen datos complementarios. Al fomentar el intercambio de datos y la estandarización, la red propuesta podría mejorar significativamente los resultados de conservación.

En última instancia, implementar los Principios FAIR y construir una red federada sería transformador para la gestión de los recursos genéticos vegetales. No solo mejoraría el acceso a datos críticos, sino que también fortalecería los esfuerzos globales para conservar la biodiversidad y asegurar los recursos genéticos necesarios para enfrentar los desafíos agrícolas y ambientales del futuro. Este enfoque destaca la importancia de la colaboración, la transparencia de datos y la innovación para salvaguardar el patrimonio genético del planeta.

Publicación Original: Cámara Ballesteros, A., Aguayo Jara, E., Verykaki, E.S., Pastor del Olmo, G., Moreno Vázquez, S., Torres, E., Wilkinson, M.D. 2024. The FLAIR-GG federated network of FAIR germplasm data resources. Scientific Data 11, 1386. DOI: 10.1038/s41597-024-04243-7