Investigadores del Vall d’Hebron Instituto de Investigación (VHIR) han participado en un estudio para evaluar los protocolos de procesamiento de muestras fecales humanas utilizados en estudios metagenómica con el objetivo de detectar los puntos débiles que pueden interferir en los resultados de los análisis del microbioma.
En la realización de este estudio internacional, que hoy se publica en la revista Nature Biotechnology participaron 21 laboratorios de 11 países, entre ellos el laboratorio de Fisiopatología y Fisiología Digestiva del VHIR.
Con la creación del consorcio MetaHIT, el año 2008 los investigadores comenzaron a sospechar que los diferentes métodos de recolección, procesamiento y análisis podían dar lugar a resultados diferentes a partir de una misma muestra. Así pues, el año 2012 pusieron en marcha el proyecto International Human Microbiome Standards para detectar cuáles son los puntos que más pueden interferir en los resultados de un análisis del microbioma.
Para realizar el estudio, cada una de las muestras fecales fue tratada en 21 laboratorios utilizando el mismo protocolo que utilizan habitualmente. Una vez realizado todo el proceso se cuantificaron las diferencias en la composición microbiana comunitaria y se vio cuáles de estas diferencias eran atribuidas al propio protocolo y cuáles a variaciones biológicas.
"Una vez detectados los puntos débiles de cada protocolo, llegaron a la conclusión de que el procedimiento de extracción del ADN es el paso que más interfiere en los resultados del análisis del microbioma", explica la Dra. Chaysavanh Manichanh, responsable de la línea de investigación en Microbiota Intestinal del grupo de Fisiología i Fisiología Digestiva del VHIR.
A partir de estos resultados, los investigadores consideran que sería recomendable un método de extracción de ADN estandarizado para muestras fecales humanas, que facilite la transferencia de información entre laboratorios ya que esto mejorará la comparabilidad de los estudios de microbioma intestinal humano y facilitará los metaanálisis.
Teniendo en cuenta las recomendaciones de los estándares internacionales del Microbioma Humano, los investigadores del VHIR están estudiando el papel del microbioma humano en diversos trastornos como la enfermedad inflamatoria intestinal, el síndrome del intestino irritable y la enfermedad hepática. Para este propósito, el grupo realiza estudios clínicos y preclínicos y desarrolla enfoques moleculares y bioinformáticos para estudiar la composición y la función de la comunidad microbiana del intestino.
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